Jahrelang wurden Finch und sein Team von der Maschine beschützt – doch als die rivalisierende KI Samaritan sie schließlich in das Stromnetz der Nation drängt, müssen die einstigen Schützlinge plötzlich selbst zu Beschützern werden. In der fünften Staffel ist der kalte Krieg vorbei – doch obwohl die Welt unverändert erscheint, hat sich alles verändert. Samaritans tödliche „Korrektur“ hat begonnen, die Kontrolle zu übernehmen. Die Maschine ist praktisch zerstört, Shaw weiterhin verschwunden, und das Team lebt erneut im Verborgenen. Während Samaritans unsichtbarer Einfluss immer weiter wächst, steht Finch vor einer entscheidenden Frage: Kann er die Maschine wieder zum Leben erwecken – und wenn ja, wird sie noch dieselbe sein?